Politeknik Balik Pulau terbahagi kepada 3 Jabatan atau Unitnya yang tersendiri. Antaranya ialah Unit Pentadbiran & Kewangan, Jabatan Akademik dan Sokongan Akademik.

Jabatan Akademik terdiri daripada 5 Jabatan iaitu :

1. Jabatan Teknologi Maklumat & Komunikasi (JTMK) diketuai oleh Pn. Wan Nur Wahidah Binti Hashim.
2. Jabatan Matematik, Sains & Komputer (JMSK) diketuai oleh En. Jasni bin Mohd Yusoff.
3. Jabatan Pengajian Am (JPA) diketuai oleh Dr. Mazlin binti Mohamed Mokhtar.
4. Unit Peperiksaan diketuai oleh En. Azrayhafizi bin Matzin.
5. Unit Perhubungan & Latihan Industri diketuai oleh En. Suntheren A/L Yoganathan.

Jabatan Sokongan Akademik terdiri daripada 12 Jabatan iaitu :

1. Jabatan Hal Ehwal Pembangunan Pelajar (JHEP) diketuai oleh En. Abdul Shukor bin Hassan.
2. Unit Pengurusan Psikologi & Kerjaya diketuai oleh En. Shahriman Bin Mamat.
3. Unit Latihan & Pendidikan Lanjutan diketuai oleh Cik Jalila binti Yahaya.
4. Unit Sukan, Kokurikulum & Kebudayaan (USKK) diketuai oleh En. Hermizul bin Napis.
5. Unit Pembangunan Instruksional & Multimedia (UIDM) diketuai oleh En. Muhammad Majdi Bin Saad.
6. Unit Teknologi Maklumat (UICT) diketuai oleh Pn. Hanim @ Zuraini binti Talib.
7. Unit Pembangunan & Senggaraan diketuai oleh Pn. Nur Dhamirah Dhaniah binti Abdul Rahman.
8. Perpustakaan diketuai oleh Pn. Nor Asma binti Mohd Boniyamin.
9. Unit Kamsis/ Pejabat Asrama diketuai oleh Cik Suzana binti Saleh.
10. Unit Jaminan Kualiti diketuai oleh Pn. Pazilah binti Darus.
11. Unit Penyelidikan, Inovasi & Komersilan diketua oleh Pn. Syamsian Binti Hussin.
12. Unit CISEC diketuai oleh Pn. Anirah Binti Ahmad.